新冠疫情嚴峻，為達致「早發現、早隔離、早治療」及鼓勵更多建造業從業員盡早接種疫苗的目標，建造業議會及建造業界在香港特別行政區政府發展局的支持下，將2022 年 3 月 4 日、10 日及 17 日訂為「建造業檢測日」；「元朗淨水設施 - 第一階段主體工程」響應參與該活動，於上述3日早上上班前，安排所有於工地上班的工友及工地人員以政府透過建造業議會派發的免費快速抗原檢測包進行快速抗原檢測。

其他防疫措施包括:

• 清潔服務公司每周至少兩次於工地及工地辦公室進行消毒
• 工地辦公室備有消毒機械人及消毒器以提供額外消毒
  
• 所有工人及工地員工每天上班前必須進行新冠病毒快速抗原測試(快速抗原檢測包由承建商保華 – 中鐵聯營體提供)
• 每個工人貨櫃休息室只可同時限二人使用
  
• 工人必須在指定區域用膳，同時保持社交距離
• 於工人貨櫃休息室安裝隔板
  
• 為工人提供外科口罩和潔手液
• 在工地辦公室提供空氣淨化器（30台）
• 以線上會議減少員工之間的面對面接觸
• 安排員工於不同時間午膳
• 由2022 年 3 月 7 日起，於工地及工地辦公室實施「疫苗通行證」